國產離子色譜儀的分離過程,在色譜柱中,填充了無數的離子交換劑作為離子分離的固定相,固定相上吸附了很多陽離子.充滿色譜柱的流動相為某種鹽的溶液,在沒有樣品進入時,薄層層析板流動相中的陰離子和固定相的陽離子保持平衡.樣品中含有兩種待分離陰離子,比表面積測定儀基中體積較大的A與固定相的正電荷作用力較大,而體積較小的B作用力小.在樣品進入色譜柱后,陰離子A、B與流動相陰離子一同前進，三種離子不斷的交替占據與固定相陽離子相吸的位置,樣品陰離子A與正電荷的作用力較大因而移動較慢,固相萃取而B移動較快,從而實現了分離.
國產離子色譜儀是液相色譜儀的一種,其有別于傳統離子交換色譜柱色譜的主要是樹脂具有很高的交聯度和較低的交換容量，進樣體積很小，用柱塞泵輸送淋洗液通常對淋出液進行在線自動連續電導檢測.
國產離子色譜儀的工作原理,例如幾個陰離子的分離，樣品溶液進樣之后，首先與分析柱的離子交換位置之間直接進行離子交換（即被保留在柱上），如用NaOH作淋洗液分析樣品中的F-、Cl-和SO42-，保留在柱上的陰離子即被淋洗液中的OH-基置換并從柱上被洗脫。對樹脂親和力弱的分析物離子先于對樹脂親和力強的分析物離子依次被洗脫，這就是離子色譜分離過程，淋出液經過化學抑制器，將來自淋洗液的背景電導抑制到zui小，這樣當被分析物離開進入電導池時就有較大的可準確測量的電導信號.
