離子色譜柱大概流程，高壓輸液泵將流動相以穩定的流速（或壓力）輸送至分析體系，在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入，流動相將樣品帶入色譜柱，在色譜柱中各組分被分離，并依次隨流動相流至檢測器。抑制型離子色譜則在電導檢測器之前增加一個抑制系統，即用另一個高壓輸液泵將再生液輸送到抑制器。在抑制器中，流動相背景電導被降低，然后將流動出物導入電導池，檢測到的信號送至數據處理系統記錄、處理或保存。非抑制型離子色譜儀不用抑制器和輸送再生液的高壓泵，因此離子色譜柱結構相對比較簡單，價格也相對比較便宜。
接
離子色譜柱前確保系統已清洗干凈，色譜柱在任何情況下不能碰撞、彎曲或強烈震動。很多單位的離子色譜儀是陰、陽離子混用的，因此，接色譜柱前，一定要保證整個離子色譜儀上的所有閥件或管路已清洗干凈，避免造成色譜柱堵塞。確保色譜柱不進入顆粒物。樣品一定要經過預處理，去除顆粒物等會給泵和色譜柱帶來負擔的物質。確保離子色譜柱不干燥。每天分析工作結束后，要清洗進樣閥中殘留的樣品，還要用適當的溶劑來清洗柱，若分析柱長期不使用，要參照色譜柱保存辦法，在沖洗干凈后，對陰離子柱要通入一定濃度的堿（對陽離子柱要通入一定濃度的酸），并將色譜柱取下兩端密封保存。
確保離子色譜柱在一定壓力，流速條件下運行。儀器使用時一定要先檢查整個流動管路中是否有氣泡，如果有，需要先將氣泡排除后再將色譜柱接上，防止將氣泡帶到色譜柱中。因為色譜柱中裝填的樹脂顆粒很小，氣泡進入后將影響樹脂和樣品中離子的交換，同時氣泡也將影響基線的穩定性。
離子色譜柱主要由一定內徑的柱管加上不同類型的填料所組成，針對離子色譜流動相比較多的采用酸、堿、鹽的特點，目前，多數離子色譜柱管材料由PEEK材料所組成，隨著離子色譜對柱效要求的提高，離子色譜所用的填料顆粒也越來越小，同時也對柱管所能夠承受的壓力要求越來越高，新型的離子色譜柱要求能夠承受40MPa的壓力。
