離子色譜儀不僅在環境樣品的分析方面應用廣泛，還廣泛應用于食品飲料行業中，下面我們來仔細說一說。
　　1、離子色譜儀測定食品飲料中的糖及糖醇:
　　作為有益健康的食品飲料添加劑---糖類物質，其檢測結果對判別果汁是否摻假具有重要作用，因此糖類檢測廣泛用于食品和飲料工業中。目前糖的測定方法主要有毛細管電泳法、液相色譜法、分光光度法、連續流動分析和氣相色譜法，但是，上述大多數方法都需要較為復雜的衍生化之后才能檢測，操作較為麻煩，而且存在一定的分析誤差。另外，液相色譜示差檢測法曾經應用較為廣泛，但是靈敏度較差且不能兼容梯度洗脫，因此不適合于低含量的測定。液相色譜柱前衍生紫外檢測法亦存在操作費時、靈敏度差等諸多問題。相比之下，離子色譜一積分安培檢測法在強堿條件下具有靈敏度高、操作簡單、兼容有機溶劑且無需衍生。
　　2、離子色譜儀測定食品飲料中的有機酸:
　　在食品、飲料生產中，有機酸是表征產品新鮮度、風味的重要指標。例如，在果汁加工生產中，有機酸是表征果汁風味的重要指標，而在某些特殊的果品飲料中，有機酸含量的差異甚至能夠用來判定某種昂貴的果汁是否摻入了低價的果汁。此外，由于不同果汁有機酸含量和組分各有不同，故而亦可以根據現有產品的有機酸指紋圖譜來判定是否摻假及新鮮與否。在啤酒工業中，有機酸的含量關乎啤酒的發酵程度，其測定及監控也一直是啤酒行業關注的焦點。
　　3、離子色譜儀測定食品飲料中的無機離子：
　　利用毛細管型離子色譜分離飲用水中常見無機陰離子的色譜圖，淋洗液為KOH等度淋洗，采用快速柱，流速在10～20μL/min，7種陰離子可以很好地實現基線分離，流速越大時，分離時間大大縮短。采用毛細管型免化學試劑型離子色譜儀，利用快速分離毛細管離子色譜獲得，色譜柱為毛細管型，流速在12～18μL/min，淋洗液為甲基磺酸等度淋洗。